W "bezpaństwowych" czasach po śmierci Iwana Groźnego, z chorym i słabym Fiodorem, bojarzy rozpoczęli otwartą walkę o władzę. Najsilniejszym z nich był były opricznik Godunow. Po śmierci Teodora patriarcha Hiob zebrał Soboru Zemskiego, aby wybrać nowego władcę. W katedrze tej zgromadziła się Rada Patriarchy, Duma Bojarska i ludzie służby oraz przedstawiciele handlowo-przemysłowej ludności Moskwy. Najbardziej prawdopodobnymi kandydatami były dwie osoby: szwagier cara Borys Fiodorowicz Godunow i kuzyn cara Fiodora, najstarszy syn Nikity Romanowicza - Fiodor Nikitich Romanow.
Lata panowania Borysa Godunowa przypadły na trudny okres w historii państwa rosyjskiego. Był to okres od 1598 do 1605 roku. W rzeczywistości przyszły car był u władzy już pod chorym synem Iwana Groźnego, Fiodorem.
Rządy Borysa Godunowa rozpoczęły się dwuznacznie. W lutym 1598 sobór zaoferował tron Borysowi, ale ten odmówił. Aby się zgodził, zorganizowano procesję religijną do klasztoru panieńskiego, w którym przebywał Borys ze swoją siostrą. Przyszły król został zmuszony do wyrażenia zgody na wstąpienie na tron. Tak więc elekcja Godunowa była popularna. Jednak w tym samym czasiewierzono, że w tym celu potajemnie uciekał się do gróźb i przekupstwa.
Borys ożenił się z królestwem dopiero 1 września, przekonany o sile wyborów ludowych. Panowanie Borysa Godunowa na całej swojej długości odznaczało się szczególną ostrożnością. Bał się prób przejęcia władzy, eliminował wszystkich podejrzanych o niego bojarów. Jego prawdziwym rywalem był tylko Fiodor Nikitich Romanow, w wyniku czego wszyscy Romanowowie zostali postawieni przed sądem pod zarzutem spisku przeciwko suwerenowi. Bojarów nie lubili cara, uważając go za następcę Strasznego z jego prześladowaniem szlachty.
Panowanie Borysa Godunowa było kontynuacją polityki Fiodora, a raczej tego, co Godunow zrobił pod jego rządami. Za wszelką cenę starał się przywrócić ludziom dobrobyt, naruszony w epoce Groznego. W polityce zagranicznej starał się unikać starć, powstrzymywać się od nowych wojen. Zależało mu na umocnieniu sprawiedliwości, chciał być dobrym władcą dla ludu. Naprawdę dał wiele korzyści zwykłym ludziom. Trzy lata z rzędu, począwszy od 1601 roku, doszło do nieurodzaju, który doprowadził do śmierci z głodu. Borys zorganizował darmową dystrybucję chleba ze skarbca królewskiego głodnym, założył duże budynki w stolicy, aby zapewnić ludziom dochód.
Panom Borysa Godunowa towarzyszył głód, rabunek, ale to nie była jego wina. Przyczyniło się to jednak do wzrostu niezadowolenia z króla. Po głodzie nastąpiło drugie nieszczęście - powstanie ludowe samozwańczego carewicza Dymitra. Podczas tej walki BorisGodunow zmarł niespodziewanie (1605).
Godunow przywiązywał wielką wagę do edukacji europejskiej. Król komunikował się z zagranicznymi specjalistami w dziedzinie techniki i medycyny, chętnie zabierał ich do służby publicznej. Wysyłał młodych ludzi do obcych krajów, planując zaaranżować moskiewskie szkoły w obcy sposób. Utworzył oddział wojskowy Niemców na wzór obcy. Za Godunowa rząd moskiewski był wyraźnie pociągnięty do bliższych kontaktów z oświeconym Zachodem i asymilacji wiedzy europejskiej.
Tak więc rządy Borysa Godunowa są krótko opisywane przez większość historyków. Wielu wątpi w to, jak legalnie zdobył władzę, wierząc, że jego dziełem było zamordowanie najmłodszego syna Strasznego, carewicza Dymitra w Uglich.
